工程施工过程审计或称中期审计，主要围绕成本效益情况进行的审计。通过对工程项目的事中监督，发现并纠正施工管理中存在的问题，及时堵塞漏洞，降低成本，提益。
1、工程成本管理审查：通过对人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费等构成成本五大要素的逐一审查，找出薄弱环节，提出对策和建议。
(1)人工费的审查：审查工时统计资料是否真实、准确，是否按劳动定额核算人工费，工资、奖金是否与效益和劳动生产率挂钩，有无不按规定多发工资，巧立名目发奖金，有无违反规定将其他费用列人人工费，使人工费超支加大。
(2)材料费审查：材料费是工程成本的主要组成部分，控制了材料支出，就有效控制了成本。审查材料物资消耗是否按定额控制，实行限额发料，材料实际消耗与预算定额的差额是否合理，材料的采购、管理、消耗手续是否齐备，有无损失浪费现象，余料是否盘点，料差和周转材料是否按规定分摊。
(3)机械使用费的审查：机械台班统计资料是否完整、真实，机械使用是否充分，有无因操作失误而造成机使费超耗浪费，费用分摊是否准确、合理。
(4)直接费和间接费的审查：审查直接费、间接费的开支是否有严格控制，有无违反规定随意扩大开支范围，提高开支标准，乱挤乱列成本的现象，费用摊销是否合理。
2、、质量、工期的审查：审查施工进度是否按计划进行，是否存在只抓进度而放松工程和质量管理，有无违规操作而导致质量事故的发生，造成经济损失。
3、内控制度的审查：审查各项内控制度是否贯彻实施，有无流于形式而造成管理失控，对分包工程是否进行有效管理，是否存在只包不管或以包代管现象，有无因管理不善而造成返工窝工等现象，影响工期和效益。
4、对工程结算、会计核算的审计：工程价款收入支出是否真实，工程结算是否符合规定，验工计价是否及时，手续资料是否完备，有无拖欠工程款现象，成本核算是否符合会计制度。