由于自来水中杂质较多，用于的余氯、管道中的泥沙铁锈等都会被带进热水器，使水质变差；长时间不清洗，附在加热棒上的水垢会影响加热效率；另外，水中沉积的杂质和金属屑也可能引发皮肤病。所以，清洁是热水器使用中不可忽视的一环。
1.电热水器。如果喷水不畅、堵塞，可将喷头卸下，用螺丝刀将喷头盖中间的螺丝拧下，取下套盖，用牙刷对脏污进行清理。内胆清洗前，要先切断电源，关闭进水阀门，打开出水阀门，取下排污口盖，将水箱内的水放出，然后打开进水阀，反复冲洗几分钟，直至排出净水，盖上排污口盖。
2.燃气热水器。外部可用毛巾沾水擦拭，不能使用热水或酸碱度强的清洗剂。为防止自来水结垢，应定期拧下冷水管连接接头，取出过滤网，用水冲洗。内部水箱如果积累太多灰尘，会影响到热能吸收，用抹布轻轻擦拭或用牙刷刷净。
3.太阳能热水器。根据脏污情况擦拭表面灰尘，保持清洁可维持较高集热效率。在水滤网处，水管内的水垢会聚集于此，应定期自行拆下清洗。内部清洗时，可打开太阳能热水器进水口，将白醋倒入存水箱，让热水器自动循环20~30分钟，再打开排水口，后再将水箱加满水，循环2分钟后排干即可。
热水器两三年清洗一次。在操作时，要注意拔掉插头，关闭电热水器下方的冷水和热水角阀，等缸内的水冷却后再清洗。为保证，防止清洗不净、没有专业设备以及弄坏热水器，建议有条件者请专业的维修人员来进行清洁。