1、有机南瓜就种子环节而言，按照有机规定，是拒绝使用转基因种子，拒绝使用被禁止的化学物质处理过的种子。

2、病虫害处理:有机南瓜种植中，对病虫害不采用常规的化学农药，而采用生物农药或物理方法，如波尔多液等矿物质农药、印楝素等植物源农药、阿维菌素等微生物源农药、人工捉虫、黄板诱杀等，这些措施极大避免或降低了农药在蔬菜上的残留，或即便有少量残留，因其属生物源制剂，也不会对人体造成伤害。

3、肥料:有机南瓜种植中，不使用化学肥料，而是农家有机肥，其营养，能够满足南瓜对养分的全部需要，相对而言化学肥料不够均衡，即便是复合肥也只是NPK;同时，农家肥使用也减少了化学使用造成的蔬菜中硝酸盐含量高，进而造成亚硝酸盐含量高的情况(亚硝酸盐致癌);农家肥使用也可以减少土壤板结，改善土壤物理状况。

4、生长环境:有机南瓜按照要求要种植在远离城市污染的地块，并与普通地块保持一定距离，生产用水也要符合有机标准，而普通南瓜生产的地块和用水等，都存在污染的情况，有些甚至用工业废水进行灌溉。

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