水族缸中常出现的藻类有三类：蓝藻、绿藻和黄绿藻。绿藻更是淡水水族缸中常见的藻类，而且种类极多，大多为丝状。其及为耐阴，只要有一点光线即能生存。
虽然有不少去除水藻的方法，但尚无一种完美的方法，仍然是“预防为主，其次，综合运用”的治藻方法。如果您的鱼缸是一只没有栽植大量水草的裸缸，清除藻类的方法就较简单：
1鱼缸不要让阳光直射.
2控制鱼只蜜度，适当减少鱼的数量.
3减少鱼饵的投放量.
4勤换水，但一次换水量不宜过多.
5将附在缸壁上的污垢及时清理掉.
6加强鱼缸的过滤系统，使之更有效率
这种缸要达到观赏上较丰满的感觉，放养鱼只的密度常常会到达过滤器所能承受的上限，也就是说和鱼类的比例接近失衡。维护这样的鱼缸，我们除每天喂食外，必须定期吸出缸底的残饵和粪便（代替底栖动物和水草，底栖鱼类如琵琶可以部分替代这一工作），较频繁的换水以稀释有害废物（代替水草的功用，弥补的不足，在这种情况下，没有水草的帮助，生物过滤即使满负荷运转也难以清除所有废物），在水温较高时还需要用气泵打气（代替水草制造氧气的功能）。当然，放养的鱼种也有很大关系，如果300L的缸里养一条龙鱼，大可不必如此麻烦，只要每天捞出残饵和粪便就可以了；但如果是养了一大群七彩，这些操作就成了几乎每天必修的功课。
设置具有生化过滤器、底砂、大量水草、食藻虾和少量鱼只的“水草大型观赏鱼缸”这样的缸里，除了浮游生物外，似乎所有主要元素都齐备，那么是否除了喂食就没有事可做了呢？确实，这种水草生态大型观赏鱼缸的维护工作是较少的，但并不是说它就完备，其实这个系统各元素间的比例是严重失衡的--鱼只太少，代谢的废物很少，而水草、则相对过量，于是整个水体呈现“负营养化”，这对抑制藻类、促进鱼只健康大有好处，但对水草和而言就不是什么好事了，它们会因营养不良而趋于衰弱，如果不及时干涉，整个系统会由于水草的凋亡而瓦解，辛苦创造的水族美景就不复存在了。于是我们添加各种肥料，添加二氧化碳，添加硝化……另外，由于缺乏食草动物（这是我们避免引入水草大型观赏鱼缸的），水草的生长不受控制，就需要我们定期的修剪，去除枯叶烂叶，截短长得过长的茎干，调整生长密度……
鱼缸里的水会因鱼类的粪便、食物残渣、水草腐叶而受到污染。在人们想象中将水中看得见的悬浮物过滤掉，使水保持清澈透明就已达到目的，其实这仅仅只是过滤的初级功能，我们通常称之为机械过滤。现代的观赏鱼缸过滤应是同时具有机械过滤和生物过滤，有时还需要物理过滤。其中尤为重要的是生物过滤。所谓生物过滤，就是通过附着在滤材上的，将溶解在水中的有害物质分解或转化为无害物质。物理过滤则是利用某些材料特有的吸附功能使水净化。物理过滤只在特殊情况下短时间使用，如为了去除水中的剩余药剂等。