一些城市的一些化粪池没有及时清理。它会延长使用寿命，并容易造成隐患。一方面，化粪池的处理能力降低，另一方面，容易造成沼气溢出，可能引起沼气严重爆炸。因此，化粪池应定期清理。通常，化粪池的清洁周期不超过1年。
按照化粪池的技术标准，化粪池的污泥清掏时间一般为90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作为有机肥料，或者进行无害化处置。但是，随着化肥的广泛使用，社会的发展，使用粪便肥料越来越少，与此同时，我国污泥处置行业严重滞后，粪便污泥的无害化处理不足，我国13.6亿人每年产生超亿吨的粪便污泥，根据统计局数据，2012年无害化处理的粪便污泥只有801.4万吨。大量粪便污泥的清掏转移，造成了二次污染。因此，如果不能解决化粪池污泥的无害化处置问题，化粪池污泥就会成为水污染的污染源，化粪池问题是关系水污染治理成效的环保问题。
化粪池不清理会对环境造成污染。因地面上外力造成震动，使池体出现裂缝，造成粪便水渗漏地 下，污染地下水源，及化粪池长期不清理造成排出污水严重超标等，给周边河湖水环境带来严重破坏。化粪池长期欠缺清理造成极大的危害。
化粪池出水水质、杂质去除率、处理效果的实测资料不如给水与排水处理设施的测试资料齐全。应在各地选择有代表性的类别建筑，在不同季节、同日不同时间对化粪池进、出水质、处理效果进行测试，且根据生活污水成分的变化进行定期测试，以丰富、完善设计资料，指导工程设计。