工程保函是依据商务合同开出的，但又不依附于商务合同，是具有独立法律效力的法律文件。当受益人在保函项下合理索赔时，担保人就必须承担付款责任，而不论申请人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实，即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务。
投标保证金一般有两种形式：
一、现金保证金：现金、电汇、银行汇票、银行本票等。
对招标人而言，收取及退还手续繁琐，人力消耗大。众所周知，投标保证金被扣除的比例一般为项目金额的1%-1.5%，收取和退还涉及业务部门及采购部门诸多工作，现在条例又要求退还利息，利息的计算，利息的退还财物手续，做账，这些工作相当繁琐。
保证金存在被收取者挪用的风险，而且对是否挪用难以监控。虽然法律上明文规定保证金不允许挪用，但事实上或多或少，无论是招标代理机构，还是招标人，什么有些政府交易平台，都存在一些保证金挪用的现象，如果挪用的大额保证金不能及时归还，对投标人会造成损失。
保证金退还不及时，人为造成投标人财务成本提高，资金效率降低。按照国家的法律要求，招标人应及时退还保证金，同时根据目前的招标流程要求，其保证金理论上在一个月内应该已经被退还，考虑到一些意外情况，平均一个月的占压时间已经是很充分考虑的了。但在向投标人进行调研的时候我们发现，目前投标保证金的质押时间，平均在2-3个月之间，造成这种现象既有招标人主观想要拖延，也有招标人内部退还程序复杂，退还积极性不高等原因。
投标人由于需要到处参加投标，保证金交纳笔数多了以后，累计数额也是不小的。或多或少影响了投标人的现金流，一方面造成这些资金的无效沉淀，一方面在投标人资金紧张后又加大了它外部融资的成本，间接提高企业的生产成本，招标人的采购价格。
预付款保函
预付款保函试用范围：
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同义务，不降受益人预付、支付的退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
预付款保函的作用：
预付款保函既可以有效保障发包方合法权益，又可对承包方提高资本有机工程形成一种激励机制，促使承包方合理配置资金，立足长远，增强企业活力。防止承包方在收到业主的预付款后将款项挪作他用货币宣布破产等。
质量保函
质量保函适用范围：
1、适用于工程承包、供货安装等合同执行进入保修期或维修期、业主或买方要求承包方、供货方良好履行保修义务的情况。
2、在工程承包、供货安装等项目进入保修期或维修期后，业主、买方为避免工程、货物的质量与合同规定不符，而承包方、供货方不愿或不予进行修理、更换和维修，造成自身损失，往往要求承包方或供货方在履约保函期限届满前提供质量保函，对其在保修期内的行为进行约束。
质量保函作用：
1、对业主、买方。权益得到充分保障。
2、对承包方、供货方。提高了承包方、供货方的市场竞争力。