通常设计为三格化粪池，新鲜粪便由厕所管道进入池，池内粪便产生沼气开始发酵分解，因比重不同粪便可分为三层，上层为比较浓的粪渣垃圾，下层为块状或颗粒状粪渣，中层为比较清的粪液，在上层粪便和下层粪渣中含和寄生虫卵多，中层含虫卵少，初步发酵的中层粪液经过化粪管流到第二格池，第二格池内再化酵分解沉淀后溢流到第三格，第三格池再经过沉淀过滤后清水流到下水管道。

如果长时间不清理，沼气聚集太多，工人下去清理时容易缺氧 ，如果人直接下池，很容易陷下去，十分危险 环卫处清理化粪池都是先用吸粪车吸出表层液体，再用高压水冲洗，待气味发散一会儿后，才能下人清理淤积物 化粪池长期不清理，其中积存的沼气让化粪池变成了一个隐形“炸弹”，不清理或不专业的清理很容易将其引爆。

化粪池的停留时间是关系污水处理效果和化粪池容积与造价的重要指标。停留时间过短， 则污水处理效果差；停留时间过长，又增加化粪池容积与造价，且布置困难。停留时间的取定，应兼顾污水处理效果与建设造价两方面因素因考虑到发酵产生气泡对沉淀要求的层流状态的影响，化粪池流线转折多对沉淀的不利影响，生活污水排放的瞬时变化大对进水流量均匀的影响，化粪池的停留时间应留有余地。《规范》要求：停留时间取12～24小时。实践证明：停留时间不宜少于12小时，以保证污水处理效果。

按照化粪池的技术标准，化粪池的污泥清掏时间一般为90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作为有机肥料，或者进行无害化处置。但是，随着化肥的广泛使用，社会的发展，使用粪便肥料越来越少，与此同时，我国污泥处置行业严重滞后，粪便污泥的无害化处理不足，我国13.6亿人每年产生超亿吨的粪便污泥，根据统计局数据，2012年无害化处理的粪便污泥只有801.4万吨。大量粪便污泥的清掏转移，造成了二次污染。因此，如果不能解决化粪池污泥的无害化处置问题，化粪池污泥就会成为水污染的污染源，化粪池问题是关系水污染治理成效的环保问题。