高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。

高新技术企业专项审计，是依据高新技术企业认定办法相关规定，对近三年的研发费用支出情况及高新技术产品（服务）收入情况进行审计，出具审计专项报告。该报告主要用于企业申办高新技术企业或高新技术企业复审使用。提供给科委、财政、税务、工商单位及管理层和董事会等相关。

高新技术企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：

1、会计师事务所和高新技术企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定高新技术企业专项审计目的、审计范围、审计收费等；并签订业务约定书；

2、会计师事务所安排项目组，下发委托方高新技术企业专项审计准备的资料清单；

3、被审高新技术企业专项审计单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。

4、现场审计阶段；

5、审计情况汇总和形成审计报告初稿；

6、与被审高新技术企业专项审计单位交换意见；

7 、出具正式审计报告。

对于市场中的企业来说，其大多知晓企业申请成为高新技术企业的重要意义。并且，企业申请成为高新技术企业，具备诸多好处和优势。因此，很多符合条件和要求的企业，都会有着申请成为高新技术企业的意愿与诉求。而这，就需要开展高新技术企业审计。