高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。

要求针对研究开发项目和高新技术产品(服务)了解申报企业及其环境，比如，了解申报企业产品(服务)的技术变化，了解申报企业研究开发部门的设置和分布，以及是否存在专门的机构和人员从事研究开发活动，了解申报企业为从事研究开发活动而进行的固定资产投入以及为这些投入而使用的资金的来源，了解申报企业是否确立了创建科技创新型企业的发展战略，了解申报企业是否将高新技术产品(服务)收入作为主要的业绩考核指标。

对于市场中的企业来说，其大多知晓企业申请成为高新技术企业的重要意义。并且，企业申请成为高新技术企业，具备诸多好处和优势。因此，很多符合条件和要求的企业，都会有着申请成为高新技术企业的意愿与诉求。而这，就需要开展高新技术企业审计。

1.申请企业自主选择第三方审计机构委托业务(基于对审计机构业务资质、服务团队、客户口碑的充分了解)；

2.审计代理公司与申请公司进行初步沟通了解，确定企业的审计目的和范围，再由审计公司对申请企业的审计风险进行专业评估；

3.评估通过后，双方签订正式的审计服务协议，明确审计费用、双方的权利和责任，并进行初步数据交接；

4.审计代理公司应当成立专门的项目组，向受委托企业发放高新技术企业专项审计所需材料清单；

5.申请人应根据资料清单准备相关审核材料；

6.审计代理公司审计工作组根据企业数据制定高新技术企业具体审计工作方案，为审计工作的实施打下良好基础；

7.与被审计企业确定现场审计时间并出具审计通知书；

8.审核员进入现场，审核企业提供的审核资料，对期间发现的审核问题进行详细记录，形成审核工作底稿；

9.审核审计工作底稿，并在此基础上形成初步意见；

10.与被审计企业交换审计意见；

11.在双方一致同意的基础上，为高新技术企业出具专项审计报告。