在ISO9001认证阶段审核后，ISO9001认证机构会对组织进行第二阶段审核，下面来介绍下二阶段审核一些知识：
一、第二阶段审核的目的
第二阶段审核的目的是评价受审核方ISO9001认证体系的实施情况，包括有效性。
二、第二阶段审核的依据
第二阶段审核应依据认证标准的要求并基于阶段审核的结果，对受审核方的管理体系进行的符合性、适宜性和有效性评价。
考虑到阶段审核中收集到的有关基础设施、工作环境、过程识别等信息，已得到审核组与受审核方的共同确认，第二阶段审核时可以直接采用上述相关信息，并在阶段审核的基础上进一步审核其运行、维护、保持的情况。
三、第二阶段审核的内容
1、与适用的ISO9001认证体系标准或其他规范性文件的所有要求的复合情况及证据;
2、根据关键绩效目标和指标(与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)，对绩效进行监视、测量、报告和评审的情况;
3、受审核方的管理体系和绩效中与遵守法律有关的方面;
4、受审核方过程的运作控制;
5、ISO9001认证内部审核及管理评审;
6、针对受审核方方针的管理职责;
7、规范性要求、方针、绩效目标和指标(与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)，适用的法律要求、职责、人员能力、运作、程序、绩效数据和内部审核发现及结论之间的联系。
ISO9001认证标准是按照过程方法的模式展开的，并要求组织的管理体系按过程方法建立。因此在实施ISO9001认证过程审核时要对质量管理体系每一过程从以下几个方面进行评价：
1、过程是否己被识别并适当规定?
2、职责是否己被分配?
3、程序是否得到实施和保持?
4、在实现所要求的结果方面，过程是否有效?
过程方法在ISO9001认证审核中的应用即是要按过程实施审核，它强调以过程(子过程)为单位，而非部门，一个过程的完成可能涉及多个部门的参与，每个过程(包括组成过程的子过程)都有该过程的顾客要求，按照顾客要求建立过程目标(过程的有效性和效率方面的目标);监视这些目标的实现情况，以不断提高过程的有效性和效率;过程的运行绩效(即过程目标完成情况)由过程责任人负责。当ISO9000认证审核员真正发现企业存在的问题和原因，说到了“点子”上，企业从心里敬佩你，才能体现出审核员的水平，企业就会欢迎你下次再去审核。按过程实施审核要求组织的管理体系按过程建立，ISO9001认证审核计划按过程编制，审核中按过程对输入、输出、接口进行抽样验证。
质量管理部门和技术管理部门要对ISO9000认证归口过程负责
(一)各质量管理郡门要对归口过程负责
质量管理部门要认真学习、掌握质量管理体系文件对以下过程的归口管理控制方法，并组织有效实施。
1、ISO9000认证体系策划等过程。
2、过程监视和测量等过程。
3、ISO9000认证质量目标分解和考核等过程。
4、内部质量管理体系审核等过程。
5、产品监视和测量等过程。
6、不合格品控制等过程。
(二)各技术管理部门要对归口过程负责
技术管理部门要认真学习、掌握ISO9000认证体系文件对以下过程的归口管理控制方法，并组织有效实施。
1、顾客工程规范控制等过程。
2、产品棒计开发控制等过程。
3、过程设计开发等过程。
4、产品和服务提供确认等过程。
负责ISO9001体系认证的认证机构都是经过国家认可机构认可的机构，对企业的品质体系的审核是非常严格的。当现场发现企业人员明显与申请不符或发现新的多现场时可向ISO9001认证中心计划调度员提出并追加审核时间。这样，对于企业内部来说，可按照经过严格审核的国际标准化的品质体系进行品质管理，真正达到法治化、科学化的要求，极大地提高工作效率和产品合格率，迅速提高企业的经济效益和社会效益。对于企业外部来说，当顾客得知供方按照国际标准实行管理，拿到了ISO9001认证证书，并且有ISO9001质量认证机构的严格审核和定期监督，就可以确信该企业是能够稳定地生产合格产品乃至产品的信得过的企业，从而放心地与企业订立供销合同，扩大了企业的市场占有率。
生产管理部门、基础设施管理部门、采购管理部门要在ISO9000认证生产准备阶段做好以下工作:
1、对物资运输策划的适宜性情况进行确认。当运输业务外包时，要对其质量保证能力进行评价。并按ISO9000认证标准的要求控制管理。
2、对供方提供物资的准时率等状况进行核查。对供方交付能力的评价，要求计划数量和计划交付时间与实际交付的数量和时间必须保持一致。
3、对物资按期量贮存的合理性情况进行核查。对各种贮存物资都要事先规定出合理的贮备量，以满足准时生产的需求。
4、对公司内外运输设施配置适宜性情况进行核查。对外部运输的车辆要保证性能良好，运转正常。对内部运输设施，要保证配置适宜合理。
5、对库房贮存场地等设施的策划、符合性、适宜性情况进行核查。对库房物资的贮存情况要定期检查，保证物资没有变质和失效情况发生。
6、对库房管理与ISO9000认证相关文件的符合性进行核查。当库房管理升级为ERP系统时，要对物资出入库环节严格控制。并对增加的新产品及时编码录入，以保持ERP管理系统和实际管理状况的一致性和符合性。