经过上述初级阶段的榨取之后，毛棕榈油和毛棕榈仁油被送到精炼厂精炼，经过去除游离脂肪酸、天然色素、气味后，成为色拉级的油脂-精炼棕榈油（RBD PO）及棕榈油色拉油（RBD PKO）。
经过精炼的棕榈油在液态下接近于无色透明，在固态下近白色。此外根据不同用户的需求，棕榈油还可以经过进一步的分馏、处理，形成棕榈油酸（PFAD）、棕榈液油（简称OLEAN）、棕榈硬脂（简称STEARINE或ST）。
作为一种饱和度较高的油脂，棕榈油曾经被推测有可能会增加人体血清中胆固醇含量。但经过许多专家进一步的实验论证，发现食用棕榈油不但不会增加血清中的胆固醇，反而有降低胆固醇的趋势，原因是大量研究数据显示，不同的饱和脂肪酸对血脂的影响是不同的，棕榈油中富含中性脂肪酸，促使胆固醇提高的物质在棕榈油中含量微乎其微（1%）。
在贮藏期间，在工厂真空干燥工段后面可装冷冻机，使油在进入储罐之前，温度降到45-50℃。油装进罐后，对罐内充入惰性气体(二氧化碳、氮气)。也可以在油中加入些抗氧化剂，钝化微量金属，以消除油脂贮藏过程中的氧化作用。另外，采用大容器储油时，氧化作用亦能控制，也减少装卸时油的飞溅。