煤炭司 拟订煤炭开发、煤层气、煤炭加工转化为清洁能源产品的发展规划、计划和政策并组织实施，承担煤炭体制改革有关工作，协调有关方面开展煤层气开发、淘汰煤炭落后产能、煤矿瓦斯治理和利用工作。
法制和体制改革司 研究能源重大问题，组织起草能源发展和有关监督管理的法律法规、规章送审稿，承担有关规范性文件的合法性审核工作，承担行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作，承担能源体制改革有关工作。
电力监管司 组织拟订除核外的电力运行、电力建设工程施工、工程质量监督管理办法的政策措施并监督实施，承担电力生产监督管理、可靠性管理和电力应急工作，负责水电站大坝的监督管理，依法组织或参与电力生产事故调查处理。 国际合作司 组织推进能源国际交流与合作，按分工承担同外国能源主管部门和国际能源组织谈判并签订协议有关工作，拟订能源对外开放战略、规划及政策，协调境外能源开发利用。
综合司 负责文电、会务、机要、档案、督查、财务、资产管理等机关日常运转工作，承担政务公开、保密、信访，以及能源行业统计、预测预警等工作，承担国家能源委员会办公室的综合协调工作。