付款单位出纳员在填制完银行承兑汇票后，应将汇票的有关内容与交易合同进行核对，核对无误后填制“银行承兑协议”及银行承兑汇票清单，并在“承兑申请人”处盖单位公章。银行承兑协议一般为一式三联，银行信贷部门一联，银行会计部门一联，付款单位一联，其内容主要是汇票的基本内容，汇票经银行承兑后承兑申请人应遵守的基本条款等。
电子银行承兑汇票通过采用电子签名和可靠的认证机制，能够保证其性、完整性和性，降低了票据被克隆、变造、伪造以及丢失、损毁等各种风险；电子银行承兑汇票的出票、保证、承兑、交付、背书、质押、贴现、转贴现、再贴现等一切票据行为均在电子商业汇票系统上进行，可大大提升票据流转效率，降低人力及财务成本，有效提升金融和商务效率。
所谓电子商业汇票（Electronic Commercial Draft）则是由出票人以数据电文形式制作的，委托付款人在指定日期无条件支付确定的金额给收款人或者持票人的票据，与纸质商业汇票相比具有以数据电文形式签发、流转，并以电子签名取代实体签章的突出特点，其对于杜绝伪造、变造票据案件，降低企业结算成本、提升结算效率、控制融资风险具有十分重要的作用。
商业承兑汇票和银行承兑汇票的承兑人不同，决定了商业承兑汇票是商业信用，银行承兑汇票是银行信用。银行承兑汇票一般由银行签发并承兑，而商业承兑汇票可以不通过银行签发并背书转让，但在信用等级和流通性上低于银行承兑汇票，在银行办理贴现的难度较银行承兑汇票高。