（一）保函有从属性保函和独立性保函之分，备用信用证无此区分
保函作为人的担保的一种，它与它所凭以开立的基础合同之间的关系是从属性亦或是独立的关系呢？据此，保函在性质上有从属性保函和独立性保函之分。传统的保函是从属性的，保函是基础合同的一个附属性契约，其法律效力随基础合同的存在、变化、灭失、担保人的责任是属于第二性的付款责任，只有当保函的申请人违约，并且不承担违约责任时，保证人才承担违约责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。而申请人是否违约，是要根据基础合同的规定以及实际履行情况来作出判断的，但这种判断显然不是件简单的事，经常要经过仲裁或诉讼才能解决其中的是非曲直。所以当从属性保函项下发生索赔时，担保人要根据基础合同的条款以及实际履行情况来确定是否予以支付。各国国内交易使用的保函基本上是从属性质的保函。
独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。
独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
独立性保函是二战后为适应当代国际贸易发展的需要，由银行和商业实践的发展而逐步确立起来的，并成为国际担保的主流和趋势，原因主要在于：，从属性保函的发生索赔时，担保银行须调查基础合同履行的真实情况，这是其人员和专业技术能力所不能及的，且会因此被卷入到合同纠纷甚至诉讼中。银行为自身利益考虑，绝不愿意卷入到复杂的合同纠纷中，使银行的利益和信誉受到损坏，而趋向于使用独立性保函。而且银行在处理保函业务时，正越来越多地引进信用证业务的处理原则，甚至有的将保函称为担保信用证。第二，独立性保函可使受益人的权益更有保障和更易于实现，可以避免保函申请人提出各种原因如不可抗力、合同履行不可能等等来对抗其索赔的请求，避免对违约人起诉所花费大量的金钱、精力及诉讼旷日持久等缺陷，可确保其权益不至因合同纠纷而受到损害。
备用信用证作为信用证的一种形式，并无从属性与独立性之分，它具有信用证的“独立性、自足性、纯粹单据交易”的特点，受益人在该信用证为准，开证行只根据信用证条款与条件来决定是否偿付，而与基础合约并无关。
（二）保函和备用信用证适用的法律规范和国际惯例不同。
由于各国对保函的法律规范各不相同的，到目前为止，尚未有一个可为各国银行界和贸易界广泛认可的保函国际惯例。独立性保函虽然在国际经贸实践中有广泛的应用，但大多数国家对其性质在法律上并未有明确规定，这在一定程度上阻碍了保函的发展。
保函担保属于信用担保，银行给企业提供信用担保，企业自身的信用比较关键，企业信报上如果有诉讼时，会要求提供相应的处理说明，如果是失信企业，则无法办理银行保函。因此，开始办理银行保函时，都会先查企业征信。
银行保函办理操作流程 1、申请人需填写开立保函申请书并签章。提交保函的背景资料，包括合同、有关部门的批准文件等。提供相关的保函格式并加盖公章。提供企业近期财务报表和其它有关证明文件。落实银行接受的担保，包括缴纳保证金、质押、抵押或第三者信用保等。由银行审核申请人资信情况、履约能力、项目可行性、保函条款及担保、质押或抵押情况。缴纳保函费用：每笔按保函金额的5‰一次性收取，为100元后，可对外开出保函。办理履约保证函需要提交的资料：有效的营业执照、法定代表人身份证、组织机构代码证、税务登记证及工程承包合同或购销合同的原件及已加盖单位公章的复印件。 2、办理履约保函需要先至中国人民银行申领贷款卡，贷款卡的申请表格可至贵司开户银行信贷部领取(找个信贷员就可以了)，按照封二上的要求准备齐全资料，包括营业执照、机构代码证、法人代表身份证、代理人身份证、国税地税证、前一年及即期报表等等，填妥贷款卡申请表格，让银行在页“推荐银行”处敲个公章就可以去人民银行办理了。目前贷款卡的申领费用应该是400元，资料齐全的当天就可以办出的。
履约保函的优点
1、对承包方或供货方：
(1)减少由于缴纳现金保证金引起的长时间资金占压，获得资金收益;
(2)与缴纳现金保证金相比，可以使有限的资金得到优化配置;
(3)权益得到更好地维护。
2、对业主或买方：
(1)合理制约承包人、供货方行为，良好维护自身利益;
(2)避免收取、退回保证金程序的繁琐，提高工作效率。
银行履约保函担保多见于一些工程承包、物资采购等项目中，在这些项目实施过程中，一般是由业主或买方向承包方提出履约保函的要求，目的在于制约对方的行为，保证施工项目可以保质保量地完成。一旦承包方没有按合同中约定的方式履行自己的义务，业主或买方就可以获得赔偿，维护自身的利益。