（一）保函有从属性保函和独立性保函之分，备用信用证无此区分
保函作为人的担保的一种，它与它所凭以开立的基础合同之间的关系是从属性亦或是独立的关系呢？据此，保函在性质上有从属性保函和独立性保函之分。传统的保函是从属性的，保函是基础合同的一个附属性契约，其法律效力随基础合同的存在、变化、灭失、担保人的责任是属于第二性的付款责任，只有当保函的申请人违约，并且不承担违约责任时，保证人才承担违约责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。而申请人是否违约，是要根据基础合同的规定以及实际履行情况来作出判断的，但这种判断显然不是件简单的事，经常要经过仲裁或诉讼才能解决其中的是非曲直。所以当从属性保函项下发生索赔时，担保人要根据基础合同的条款以及实际履行情况来确定是否予以支付。各国国内交易使用的保函基本上是从属性质的保函。
独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。
独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
独立性保函是二战后为适应当代国际贸易发展的需要，由银行和商业实践的发展而逐步确立起来的，并成为国际担保的主流和趋势，原因主要在于：，从属性保函的发生索赔时，担保银行须调查基础合同履行的真实情况，这是其人员和专业技术能力所不能及的，且会因此被卷入到合同纠纷甚至诉讼中。银行为自身利益考虑，绝不愿意卷入到复杂的合同纠纷中，使银行的利益和信誉受到损坏，而趋向于使用独立性保函。而且银行在处理保函业务时，正越来越多地引进信用证业务的处理原则，甚至有的将保函称为担保信用证。第二，独立性保函可使受益人的权益更有保障和更易于实现，可以避免保函申请人提出各种原因如不可抗力、合同履行不可能等等来对抗其索赔的请求，避免对违约人起诉所花费大量的金钱、精力及诉讼旷日持久等缺陷，可确保其权益不至因合同纠纷而受到损害。
备用信用证作为信用证的一种形式，并无从属性与独立性之分，它具有信用证的“独立性、自足性、纯粹单据交易”的特点，受益人在该信用证为准，开证行只根据信用证条款与条件来决定是否偿付，而与基础合约并无关。
（二）保函和备用信用证适用的法律规范和国际惯例不同。
由于各国对保函的法律规范各不相同的，到目前为止，尚未有一个可为各国银行界和贸易界广泛认可的保函国际惯例。独立性保函虽然在国际经贸实践中有广泛的应用，但大多数国家对其性质在法律上并未有明确规定，这在一定程度上阻碍了保函的发展。
银行履约保函费用，对于不同的银行，不同的保函形式保函的收费是不同的。比如工商银行开具非融资类人民币保函应根据保函风险度按季收取保函金额0.5%-3%的手续费。
履约保函费用怎么算
履约保函费用并不统一。保函费率已开具保函金额为基数收取，其中投标保函单笔收费1000元。银行履约、预付款、质量保修保函等单笔收费为15000元人民币。基数的话一般是担保金额的2-3%，具体要看企业资质，项目情况。
履约保函如何兑付
履约保函的兑付方式：只要出现保函中规定的任何一项索偿条件，银行就会执行赔付。简单说履约保函就是委托银行出具的保证某项《合约》顺利执行的书面保证函。到期后保函就会失效。
履约保函的作用
履约保函的作用：保证申请人去履行某种合约义务，一旦出现相反情况时，负责对受益人做出赔偿；或在保证受益人在其履行了合约义务后将肯定能得到其所应得的合同价款的权力。履约保函是指应劳务方和承包方（申请人）的请求，银行金融机构向工程的业主方（受益人）做出的一种履约保证承诺。
履约保函如何办理
履约保函的办理方式：1、向银行申请开立保函并提供有关资料；2、银行进行调查、审查；3、签订协议，落实保证金或反担保；4、开立履约保函。
预付款保函和履约保函的区别？
二者区别如下：
1.概念不同。预付款保函在贸易合同中还可以称为定金保函，是承包人要求银行向业主（发包人）
出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。履约保函是应劳务方和承包方（申请人）的请求，银行金融机构向工程的业主方（受益人）做出的一种履约保证承诺。
2.适用范围不同。预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。履约保函适用范围非常广泛，可用于任何项目中对当事人履行合同义务提供担保的情况，常见用于工程承包、物资采购等项目。
保函手续费包括以下内容：
1、支付保函手续费：银行为客户开立支付保函业务时，需要向客户征收每季千分之五的保函手续费季，是500元每季。
2、履约保函手续费：银行为客户开立履约保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导度收取500元。
3、投标保函手续费：银行为客户开立投标保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导度收取500元。
4、分期付款与延期付款保函手续费：银行为客户开立分期付款、延期付款保函业务时，均需要像客户征续费，指导价为0.15%，每季度收取500元。
5、关税保函手续费：银行为客户开立关税保函业务时，需要向客户征收每季0.5%的保函手续费，指导度收取500元。
办理工程履约保函流程如下：
1、申请人申请开立《履约保函》，填写《保函申请表》；
2、申请人提交资料；
3、审核资料；
4、签订委托协议；
5、收取相关费用，落实保证金或者反担保并办理反担保相关手续；
6、开立《履约保函》。担保公司代办流程：
1、提供被担保企业资料、工程项目的相关资料和一些签约资料并递交给担保公司；
2、担保公司审批；
3、落实少量的保证金，走银行审批流程。法律依据：《建设工程施工合同》第四十一条 发包人承包人为了履行合同，应互相提供以下担保：发包人向承包人提供履约担保，按合同约定支付工程价款；承包人向发包人提供履约担保，按合同约定履行自己的各项义务。