第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化粪池清理注意事项：
1.进入化粪池的人须戴防毒面具和防毒服，以及安荃带。安荃带上应绑一根能承受100公斤以上重量的绳子，绳子的另一端应绑在露出化粪池的梯子上。 2.化粪池上须有两三个人随时注意化粪池的情况。如果以下情况不对，请拉上清理化粪池的工作人员。 3.化粪池一般有三个井盖，每个井盖有两个小洞。我们须每半小时或一小时打开每个井盖上的小洞。 4.用钩子打开井盖，用消防水冲洗每个井口约半小时。这可以减少化粪池中的沼气。 5.将长度约5米的竹竿插入化粪池，获得化粪池污垢和污水的深度。 6.如果化粪池的深度超过1.5米，我们须将竹梯或其他比化粪池深1米的梯子放入化粪池。
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机械清理是一种更加快捷的化粪池清理方式，相较于人工清理能够更加彻底地清理化粪池内的杂质和污垢。通过专业化粪车清理，清洗效果十分明显。不过，机械清理需要使用重型设备，而且操作难度较高，需要有一定的经验和专业技能。