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巩纯秀学术兼职中华医学会儿科内分泌遗传代谢学组副组长，中华医学会糖尿病学会委员，中华医学会糖尿病学会1型糖尿病学组副组长，北京医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组组长，中华医学会糖尿病学分会北京分会委员，原亚太儿科内分泌学会理事会理事，中国医师协会内分泌代谢学分会常委。中华儿科杂志编委,中华医药杂志常务编委，中华糖尿病杂志编委，中国糖尿病杂志编委，中国实用儿科杂志编委，中国小儿急救医学编委，免疫分析与临床杂志编委，柳叶刀糖尿病内分泌中文版编委。
巩纯秀，首都医科大学附属北京儿童医院，内分泌遗传代谢科，主任医师，博士，教授，博导。临床擅长糖脂代谢疾病（儿童1型糖尿病、2型糖尿病、肥胖、低血糖、高血压、特殊类型糖尿病）生长及骨代谢（身材矮小、佝偻病、甲状旁腺疾病、发育迟缓）性腺及肾上腺疾病（性早熟、DSD（性发育异常）等。
小儿内分泌科主要看与内分泌相关的疾病，比如性早熟、侏儒症、巨人症、儿童肥胖症、儿童高脂血症、生长缺乏症、先天性甲状腺功能减低症、甲状旁腺功能减低症、先天性肾上腺皮质增生症、假性甲状旁腺功能减低症、甲状旁腺功能亢进症、儿童糖尿病等。