主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。
巩纯秀学术兼职中华医学会儿科内分泌遗传代谢学组副组长，中华医学会糖尿病学会委员，中华医学会糖尿病学会1型糖尿病学组副组长，北京医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组组长，中华医学会糖尿病学分会北京分会委员，原亚太儿科内分泌学会理事会理事，中国医师协会内分泌代谢学分会常委。中华儿科杂志编委,中华医药杂志常务编委，中华糖尿病杂志编委，中国糖尿病杂志编委，中国实用儿科杂志编委，中国小儿急救医学编委，免疫分析与临床杂志编委，柳叶刀糖尿病内分泌中文版编委。
1、血糖、血脂、甲状腺功能五项、生长、性检查：一般用于检查儿童身体相关的各项指标情况和生长发育情况。
2、甲状旁腺和嘌呤检查：用于检查儿童是否患有糖尿病、甲状腺功能异常、下丘脑病变或垂体病变等。
3、电解质检查：用于检查患儿血液中钾、钙、钠、镁、磷等矿物质的含量是否在正常范围内。
小儿出现内分泌失调的时候首先要调整孩子的饮食，多吃一些含蛋白质高有营养的食物，比如牛奶、鸡蛋、牛肉、核桃、黑芝麻、花生。还要多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免吃辛辣刺激性的食物。要养成良好作息习惯，避免长时间熬夜，保持充足睡眠，平时还要保持精神愉悦，日常生活中还要多喝水，补充身体所需要的水分。