北京大学肿瘤医院设有36个临床科室，14个医技科室，10个基础研究科室,4个基础平台科室,开放床位801张。全年门诊量75万人次，年收治病人9.6万人次，手术1.7万例。医院职工近2600人，在编职工中正高级职称152人，副高级职称253人。
北京大学肿瘤医院有国家重点学科1个(肿瘤学)、国家临床重点专科2个(肿瘤科、病理科)、北京市重点学科4个(胃癌防治中心、乳腺癌防治中心、影像介入中心、超声诊断中心)、北京市中医管理局重点学科1个(中西医结合科暨老年肿瘤科)，全国名老中医药专家传承工作室1个，北京学者工作室2个，是消化系肿瘤整合防治全国重点实验室，是恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室、国家药监局重点实验室所在单位、抗肿瘤新药及新技术研发北京市工程研究中心、北京市国际科技合作基地、北京市首批示范性研究型病房、科技部抗肿瘤新药疗效与性评价信息化平台的建设单位。被国家卫健委授予首批肿瘤多学科诊疗试点医院、国家首批肿瘤高通量基因测序临床试点单位;是承担北京地区癌症发病登记与生存统计，并向政府及WHO提供数据的中心。是北京协会、北京癌症康复会的挂靠和依托单位。
医院自成立以来，致力于胃癌、乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肝癌、食管癌、恶性淋巴瘤、恶性黑色素瘤、泌尿系统肿瘤、妇科肿瘤、头颈部肿瘤、骨肿瘤、软组织与腹膜后肿瘤等各种肿瘤的诊断、综合和转化研究。其中胃癌防治体系方面的研究两次获得了国家科技进步二等奖。
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