北京协和医院创新性提出了“待病人如亲人，提高病人满意度；待同事如家人，提高员工幸福感”的办院理念；提炼出了“学术、品质、人文”的百年协和内涵；推进医疗服务体系、人才培养体系、科技创新体系、精细管理体系、开放协作体系、党建文化体系等“六大体系”建设。
目前，北京协和医院共有4个院区、总建筑面积62万余平方米，在编职工4300余人、两院院士3人、临床医技及平台科室59个、国家临床重点专科29个、科研平台6个、国家“双”建设学科5个、国家重点学科12个、一级学科博士学位授权点9个、继续医学教育基地6个、国家住院医师规范化培训专业基地21个、国家专科医师规范化培训试点基地8个。开放住院床位2000余张，2023年手术量7.3万例、年出院病人13万人次。先后获“全国文明单位”“全国卫生系统先进集体”“全国先进基层党组织”“全国抗击新冠肺炎先进集体”等称号。同时，医院还承担着支援欠发达地区、国家重要活动医疗保障和突发事件主力医疗队的重任。
曾学军教授在多项首发基金连续十年支持下开展大型综合医院与社区医疗机构合作模式的研究。2005年始主持《社区中老年人健康管理规范》的制订和推广，成为国家公共卫生规范项目之一，并于2015年成为国家推荐标准。
北京协和医院风湿免疫科作为我国风湿学病专业发展与人才培养的蕞早基地之一，自1980年建科历经四十多年风雨，集医疗、科研、教学为一体，不断提高风湿病学诊断水平，推动国内风湿病学的发展。科室树立了以科研为，教学为基础，医疗为根本的发展理念开展工作。目前全科46人，其中老专家3人，现有国家人事部留学归国人员科研基金（包括海外）获得者4人，政府特贴专家人3人，主任医师11人，博士生导师12人，副主任医师10人，硕士生导师12人，高级职称24人，中级15人，以及各类专业技术人员22人。临床40岁以下的青年医师中100％具有博士学位，80%具有在西方发达国家实验室工作进修的经历。目前有10位在全国学会任职包括中华医学会风湿病学分会主任委员、侯任主任委员以及中国医师协会风湿免疫科医师分会会长、副会长等，北京医学会任职10人。科室年门诊量超过13万人次，床位68张，为全国各地的危重疑难风湿病人服务。