王永钧知道要成为真正的医生，要学到高超的医术很难很难，但是下定了决心，明确了目标，刻苦努力，就一定能够成功。于是，王永钧开始自学中医著作，开始背诵《汤头歌诀》、《黄帝内经》、《伤寒杂病论》、《药性赋》等各种中医经典著作。
在医院当徒弟的日子里，也让他逐渐对西医产生了浓厚的兴趣。那时候他的中医老师，懂点西医，会看X光片，这让他感到很好奇。后来就开始接触西医，并开始学习西医，而且还考上了当时的浙江医科大学函授班，开始学习中西医。
中医看病就是望闻问切，四诊合参，而西医看病之前，就会依靠先进的仪器和工具检查疾病。传统中医肾病，主要是依靠中医“肉眼”去识别病症，所以王永钧和同事们经过大胆尝试，用一些先进的仪器，比如是免疫荧光、电子显微镜、光学显微镜等，来观察肾脏组织的病理变化。通过这些仪器的观察，能直接为肾脏的一些病症提供比较直观的数据。
在1986年的时候，王永钧被调到了杭州市中医院上班，在这里他创建了中医肾病专科门诊。王永钧带领着自己的团队，开创了国内中医院多项，比如说个建立肾病实验研究室，个使用肾穿刺活检技术，个开展系统的肾病透析疗法等等。