保函保证金是指针对银行保证函所支付的保证金。
保函(Letter of Guarantee, L/G)又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行起责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书。其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
选择保函的开具银行。 经办人要按标书或合同中规定的要求在招标人(业主)可接受的当地银行或者选择在我国的银行抑或其他国际性银行开具保函。选择保函的开具银行时，要符合标书或合同中规定的银行信誉、支付方式的要求。
如果合同中规定业主可用两种货币向承包人结算。那么，在选择担保行时，承包人应注意所选的担保行是否可用二种相应的货币开具保函。另外，经办人还应与所选定的担保行商定保函手续费的取费标准、付款方式、保函所需押金(付款准备金)的存入、抵押形式及数量、币种。
在保函有效期内，经办人要密切与担保银行的联系，随时向担保银行提供足以证明合同义务履行的文件、资料，要求逐步减少担保金额或注销担保金额。
如有的合同是一次性履行合同义务，当一次性的合同义务履行完毕后，经办人应尽快将有关文件送给担保银行，并声明拒绝招标人的任何索赔，必要时还可要求担保银行通知招标人或业主。
如有的合同是多次履行合同义务的，则每履行完其中一项义务后，经办人就应当向银行提供一次文件(提单、发票、完工证书、验收证明等)，并要求递减担保金额，以拒绝招标人对这一项义务的索赔。企业的业务部门和财务部门应密切配合共同完成这项工作，以防止或减少对外经济合同中产生的不必要纠纷和不应当承担的赔偿。
银行保函是由银行开立的承担付款责任的一种担保凭证，银行根据保函的规定承担付款责任。银行保函大多属于“见索即付”（无条件保函），是不可撤销的文件。银行保函的当事人有委托人（要求银行开立保证书的一方）、受益人（收到保证书并凭此向 银行索偿的一方）、担保人（保函的开立人）。