曾荣获中国中西医结合贡献奖，中华中医药传承特殊贡献奖，杭州市科技创新特别贡献奖等荣誉称号，而且主持完成国家科技部、国家中医药管理局及省市级数十项的科研课题中，“IgA肾病辨证创新体系的建立与应用”获浙江省政府科技进步一等奖。
专病之治
王永钧初业中医内科，善治杂病，近四十年则专攻肾病，精于各种肾系疾病，尤其对IgA 肾病、肾病综合征（难治性肾病综合征）、慢性肾衰竭等进行了临床系统研究，疗效确切，活人无数。
溺毒证
溺毒证是IgAN各种证候反复发生、逐步进展的终结果。病机变化往往已由肾体而及肾用，使肾的形态固缩，肾的气化功能进一步衰减和丧失，并致尿毒素（湿浊、痰瘀、溺毒）潴留体内，出现各种虚实兼夹，阴阳错乱的复杂现象。
主症：口气或呼气时有尿臭，肾功能重度下降[GFR≤29mL/（min·1.73m2]。次症：纳呆、泛恶，面色不华（贫血），畏寒怕冷，形神疲惫。舌脉：脉细弱，舌淡苔腻。
治法：温补脾肾，泄浊。常用核桃壳制成口服的药用活性炭吸附浊毒，温脾汤（大黄、附子、人参、干姜等）温脾肾及各类大黄制剂泄浊毒为主。
除这5个证型外，因风热、湿热、热毒所致的感冒、湿热泻、湿热淋，以及皮肤疖肿疮疡等，亦会引发或加重IgA肾病的发展，使泡沫尿或/及血尿增多，王永钧认为此时必须根据标本缓急，先予祛除。对风热上扰证，他往往用金银花、连翘、黄芩、虎杖、白茅根、芦根、蝉蜕、薄荷、蒲公英、炒牛蒡子等，以疏散风热、清上治下；对下焦湿热，王永钧则常用黄柏、白头翁、白芍、丹参、川草藓、大蓟、小蓟、白茅根、白花蛇舌草等，以清化湿热，兼安血络；对热毒疖肿疮疡，他则喜用黄连汤合五味饮合方（金银花、野菊花、蒲公英、紫花地丁、紫背天葵、黄连、黄芩、黄柏、焦山栀）以清热。
注意区分合并证候：在疾病发展过程中可能合并风热上扰或下焦湿热等证候，这些合并证候可能对IgA肾病的病情产生一定影响，应及时疏风清热或清化湿热等，但这些证候却并非IgA肾病本身的证候表现，不应由此干扰了疾病的辨治。