投标保函办理手续费（银行保函）得根据办理方式来定，如果企业自己去银行办理，交全额保证金，然后按照季度交手续费，大概在几百块不等，还有一种方式是通过占用第三方担保公司在银行的额度出的保函（分离式保函），这种保函跟企业自己去出保函效果一样，出的保函上不体现担保公司，只体现受益人、申请企业、项目名称、保函金额和期限等信息，这种费用也是几百块，但是不用交保证金。
二、占用担保公司在银行的额度出保函
（1）提供的资料仅仅只有：招标文件电子版、营业执照电子版。
（2）担保公司根据招标文件要求，做保函的格式，然后给申请企业确认。
（3）格式没问题，交手续费（几百块）给到担保公司。
（4）担保公司提交银行，等着出保函，快的话，当天就出保函，慢的话，隔天出保函。
预付款保函,又称还款保函，指担保人(银行)根据申请人(合同中的预收款人，通常情况下是出口商)的要求向受益人(合同中的预付款人，通常是进口商)开立的，保证一旦申请人未能履约，或者未能全部履约，将在收到受益人提出的索赔后向其返还该预付款的书面保证承诺。
履约保证金和违约金的区别：
违约金是指按照当事人的约定或者法律直接规定，当一方当事人违反合同时，应当向另一方当事人支付的金钱。违约金与履约保证金都具有督促债务人履行合同的作用。二者的区别在于：首先，违约金是合同一方违约时承担责任的一种方式，具有补偿性和惩罚性。而履约保证金为合同履行的一种担保方式，是否具备补偿性和惩罚性，法律法规没有明确规定，通说认为其具有补偿性；其次，违约金适用于合同双方当事人，而履约保证金通常只约束一方当事人即中标人，当接受履约保证金的招标人违约时，履约保证金对其不起作用；第三，违约金一般无需预付，在债务不履行损害发生后始得请求，而履约保证金则应根据合同约定交纳。