养鱼用粪便或废水给养殖池塘施肥的目的是生产鱼类天然食品。由于几种鱼类直接饲喂粪便固体，出于健康原因应禁止使用未经处理的污水或新鲜的粪便作为鱼池的进水。爱德华兹代表了排泄物喂养的鱼塘中的复杂食物链，包括终分解者或，浮游植物，浮游动物和无脊椎动物残食。

浮游植物吸收污水，粪便或排泄物中的有机固体降解中释放的无机营养物质。浮游动物吃浮游植物和包裹的小碎屑颗粒，后者也可以作为底栖无脊椎动物残食的食物。浮游生物，尤其是浮游植物，是鱼塘中天然食物的主要来源，但是底栖无脊椎动物（主要是摇蚊）也可以用作鱼食，虽然它们在数量上不太重要。为了优化人类废弃鱼池中的鱼类产量，大多数鱼类应该是过滤饲料，以利用浮游生物生长。

养鱼业是当今世界上增长快的农业部门之一。然在处理鱼类污水时希望利用这一势头面临监管障碍。但是新的研究表明，一个简单的有机系统可以有效且廉价地处理养殖污水。生物反应器 - 装满木屑的长容器 - 用于处理运行的循环水产养殖系统的废水。

这个想法很简单：来自养鱼的污水在一端进入生物反应器，流过木屑，并通过另一端的管道排出。一路上，固体沉淀，木片中的去除了氮，一种受管制的污染物。水中的固体废物带来了另一种复杂情况。在高流速下，更多固体进入系统，沉淀，堵塞木片之间的空隙，并阻碍流动。生物反应器的长期和短期工作都很好。 他们为固体过滤，并摄取硝酸盐。但对于需要在短时间内移动大量水的系统，我们推荐使用额外的微型过滤器来清除部分固体，然后进入生物反应器并堵塞生物反应器。