高压水射流清洗机的原理是用高压泵打出高压水，经过特定的高压管路，喷枪控制系统达到喷嘴，喷嘴则把高压低流速的水转换为低压高流速的射流，喷嘴出口水射流的速度一般在亚音速与超音速之间即300-500m/s，这股射流虽然质量不大，但其速率平方却像子弹一样，具有巨大打击能量，可以破坏极坚硬的盐碱结垢物及堵塞物。
高速水流正向和切向的冲击被清洗件的表面，射流在垢层或沉淀物上产生足够的压强使其粉碎，一旦垢层被射透，流体呈楔型插入垢层和清洗件表面。在许多喷射操作中，冲碎的颗粒夹杂在射流中能够帮助冲击出更多的颗粒。