预付款保函风险有三个风险：

1、很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款(因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款

2、保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。

3、预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。